মক্কা মসজিদে ২০০৭-এ বিস্ফোরণের পরে তদন্তে নেমে হায়দরাবাদ পুলিশ জানিয়েছিল এ ঘটনায় জঙ্গি সংগঠন হরকতুল জিহাদ জড়িত। প্রায় ১০০ জনকে তারা আটকও করে।
কিন্তু সিবিআই তদন্তে নেমে এই হামলার পিছনে ‘অভিনব ভারত’ নামে একটি হিন্দুত্ববাদী সংগঠনের হাত খুঁজে পায়। এর পরে ২০১১ সালে এনআইএ তদন্ত করে অসীমানন্দ, সুনীল জোশী-সহ ৮ জনের বিরুদ্ধে চার্জশিট দেয়। তদন্ত চলাকালীন আরএসএসের মুখপাত্র জোশী রহস্যময় ভাবে খুন হয়ে যান। সন্দীপ ডাঙ্গে ও রামচন্দ্র কালসাংরা নামে সঙ্ঘের দুই নেতা আজও ফেরার। এনআইএ চার্জশিট দেওয়ার পরে হায়দরাবাদ পুলিশের হাতে গ্রেফতার ১০০ জনের সকলকে মুক্তি দেওয়ার নির্দেশ দেয় আদালত। ধৃতেরা অভিযোগ করেন, জেরার সময়ে তাঁদের অনেককে নির্যাতনও করেছে পুলিশ। আদালতের নির্দেশে সাবেক অন্ধ্রপ্রদেশ সরকার ২৬ জনকে ৩ লক্ষ টাকা করে এবং ৫০ জনকে ২০ হাজার টাকা করে ক্ষতিপূরণ দেয়।
হরিদ্বারের পরমানন্দ আশ্রম থেকে গ্রেফতার হওয়ার পরে অসীমানন্দ দিল্লির একটি আদালতে জবানবন্দি দিয়ে সমঝোতা এক্সপ্রেস, মক্কা মসজিদ বা মালেগাঁওয়ের মতো ঘটনায় জড়িত থাকার অভিযোগ স্বীকার করেন। পরে অবশ্য তিনি দাবি করেন, জোর করে তাঁর কাছ থেকে জবানবন্দি আদায় করা হয়েছে। বাকি চার অভিযুক্ত দেবেন্দ্র গুপ্ত, লোকেশ শর্মা, ভারত রতেশ্বর এবং রাজেন্দ্র চৌধরিও সঙ্ঘের নেতা।